Berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia nomor 139 tahun 2014 yang ditetapkan pada 17 Oktober 2014 di Jakarta bahwa Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Purwokerto berubah menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Purwokerto. Seiring dengan peralihan status tersebut, ditetapkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia nomor 3 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Purwokerto yang menyebutkan bahwa organ pengelolaan IAIN Purwokerto terdiri dari lima fakultas, salah sataunya adalah Fakultas Ushuluddin Adab dan Humaniora (FUAH). IAIN Purwokerto kemudian bertansformasi menjadi Universitas Islam Negeri Prof. K.H. Saifuddin Zuhri (Saizu) Purwokerto pada tahun 2021 berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 41 Tahun 2021 tanggal 11 Mei 2021.
FUAH UIN Prof. K. H. Saifuddin Zuhri Purwokerto memiliki empat program studi, yaitu Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT), Perbandingan Agama (SAA), dan Sejarah dan Kebudayaan Islam (SKI), serta Tasawuf dan Psikoterapi (TP). Progaram studi Tasawuf dan Psikoterapi merupakan program studi baru di FUAH UIN Saizu dan akan menerima mahasiswa baru angkatan pertama di Semester Gasal Tahun 2022-20223.
Semua program studi tersebut, kecuali Tasawuf dan Psikoterapi, beroperasional berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 547 Tahun 2015 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi pada Program Sarjana. Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 2078 tahun 2017 tentang Penyesuaian Nomenklatur Program Studi, maka ada dua program studi yang berubah nama, yaitu Program Studi Sejarah Kebudayaan Islam (SKI) menjadi Program Studi Sejarah Peradaban Islam (SPI) dan Program Studi Perbandingan Agama (PA) menjadi Program Studi Studi Agama-Agama (SAA).
Seiring dengan transformasi IAIN Purwokerto menjadi Universitas Islam Negeri Prof. K.H. Saifuddin Zuhri (Saizu) Purwokerto pada tahun 2021 berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 41 Tahun 2021 Tanggal 11 Mei 2021, susunan struktur organisasi FUAH UIN Saizu berubah menyesuaikan nomenklatur yang diminta oleh Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia. FUAH UIN Saizu memiliki dua jurusan, yaitu Jurusan Studi Al-Qur’an dan Sejarah dan Jurusan Ilmu Agama dan Tasawuf. Jurusan Studi Al-Qur’an dan Sejarah menaungi dua prodi, yaitu Prodi Ilmu Al-Quran dan Tafsir dan Prodi Sejarah Peradaban Islam, sedang Jurusan Studi Agama dan Tasawuf menaungi Prodi Studi Agama-Agama dan Prodi Studi Tasawuf dan Psikoterapi.